Gerekli ön koşullar hazırlandıktan sonra sünnet işlemi yapılır. İşlemin kolay, ağrısız, stressiz, konforlu ve güvenli koşullarda yapılması için öncelikle hastaya tahsis edilen odada damar yolu açılarak ve ameliyat kıyafet giydirilerek işlem yapılacak birime alınır. Sünnet öncesi çocuğun gerginliğini azaltmak için sakinleştirici ilaç verilerek hafif uyku hali sağlanır. Anestezi uzmanı gözetiminde sedasyon anestezisi uygulandıktan sonra lokal olarak penis kökünden analjezik uygulanır. Gerekli analjezi ve sedasyon sağlandıktan sonra sünnet yapılacak alan antiseptik solüsyonlarla temizlendikten sonra cerrahi alan steril örtülerle çalışılacak bölge haricinde kapatılır. Önce penis başının üzerini örten deri tabakasından (prepisium) penis başının (glans penis) ayrılması sağlanır. Arasına biriken ifrazatlar varsa temizlenir. Ardından prepisium klemp adını verdiğimiz aletlerle tutularak askıya alınır ve cerrahi olarak çıkartılacak prepisium belirlenir. Usulüne uygun şekilde sünnet derisi çıkartılırken klasik cerrahi yöntem kullanıldı ise öncelikle kanama kontrolü yapılır. Tespit edilen kanamalar emilebilir nitelikteki iplerle bağlanarak kontrol altına alınır. Ardından yara dudakları yaklaştırma dikişleri ile birbirine yaklaştırılıp, ardından pansuman ile kapatılarak işlem sonlandırılır. İşlem süresi yaklaşık 20 dakikadır. İşlem sonrası hasta odasına alınarak 2 saat gözlemde tutulur ve ardından reçetesi düzenlenerek taburcu edilir. Uyulması gereken kurallar ve pansumanı hakkında aileye ve çocuğa bilgilendirme yapılır.